Using EnsDb's annotation database in Python

How to find and download the EnsDb, the Ensembl genomic annotation in SQLite database made by R package ensembldb, and use it in Python application.

Use Snakemake on Google cloud

TL;DR Run a RNA-seq pipeline using Snakemake locally and later port it to Google Cloud. Snakemake can parallelize jobs of a pipeline and even across machines.

Snakemake has been my favorite workflow management system for a while. I came across it while writing my master thesis and from the …

Variants、eQTL、MPRA

本文內容主要來自 Barak Cohen 教授給的數堂課的筆記,以 Systems Biology 的角度來看 coding/noncoding variant modeling 和相關實驗 MPRA。

Changing login shell without chsh

For my daily terminal life, I use fish shell. Fish shell can be largely described by the headline on its official website:

Finally, a command line shell for the 90s
fish is a smart and user-friendly command line shell for macOS, Linux, and the rest of the family.

Among all …

GPG Key Transition

I started using GPG key as one of my small experiments in March, 2015. Throughout the setup, I made some mistakes, which I revoked later, and explored several usage scenarios. Although like what was said in the post I’m giving up on PGP, I don’t really use the …

St. Louis PhD 生活

不知不覺,距離上篇文章已經 4 個月。這 4 個月裡,擔任 PyCon TW 2016 工作人員、寫完碩士論文、從一個讀了 7 年的學校畢業、然後前往美國的 Washington University in St. Louis 就讀 Bioinformatics PhD。

如今除了繼續認識新環境與新朋友之外,生活大抵安定。因為開學有各種學校或私下學生間的活動,以及適應新的課程與實驗室,其實手上的專案沒什麼進度。不過還是簡單的更新一下近況。

關於我的學校與城市

St. Louis 城市位置。

我想大多數的人並不認識 St. Louis (STL) 這城市與 Washington University in St. Louis (WashU or WUSTL …

使用 conda env 部署 Django

沒幾天前剛部署一次 Django,記錄在《使用 uWSGI、nginx、systemd 部署 Django》。今天又部署了另一個專案。部署的設定跟上次一樣:

nginx -- unix socket -- uWSGI -- Django

一樣寫一個 PROJ.service 的 systemd unit 來管理網站的啟動 (uWSGI)。之後提到 PROJ 時就換成自己的專案名稱;USER 就換成執行網站的帳號。

conda

conda 是一個 Python 套件的管理系統,他的好處是,遇到要使用外部 library 時,會這些套件相依的 library 都一併安裝管理 …

Ensembl Genomic Reference in Bioconductor

Using fundamental R/Biocondcutor packages (e.g. AnnotationHub, ensembldb and biomaRt) to query Ensembl genomic references or annotations.

使用 uWSGI、nginx、systemd 部署 Django

上一次很認真的 Django 部署記錄在《設定 Python 官方文件中文化自動更新 Server》一文。很巧地自己畢業的題目也要架個 Django 網站,所以就再跑了一次部署設定。舊文還提了有的沒的,這篇僅針對 Django 的部署。

這邊的部署設定都儘量不使用 root 權限,整個連線的流程圖如下:

nginx -- unix socket -- uWSGI -- Django

寫一個名為 PROJ.service 的 systemd unit 來管理這網站的啟動與否。之後 PROJ 就換成自己的專案名稱;USER 就換成執行網站的帳號。

作業系統

使用 …

Jupyter Notebook Progress Bar

相信很多人都已經在使用 Jupyter (IPython) Notebook 跑分析。隨著分析的資料越跑越多,有時候刷下去就是幾十分鐘甚至數小時。此時沒有個進度條還蠻無聊的,而且能讓自己感覺很有進度,何樂不為呢?

例如我去年介紹 aiohttp 時就有用到 notebook 和 console 底下的進度條 (progress bar)。不過,這幾個月 Jupyter Notebook 4+ 架構上的調整,可能 code 都不能用了。剛好昨天的 Taipei.py 有人提到這事,就來整理一下吧。

IPywidgets 介紹 …