Access gene annotation using gffutils

Recently, I had to access gene annotations in multiple versions from multiple sources such as Ensembl, GENCODE, and UCSC. I used to rely on …

Ad hoc bioinformatic analysis in database

Recently I’ve found that bioinformatic analysis in a database is not hard at all and the database set up wasn’t as daunting …

用 Django 與 SQLite 架抽籤網站

把之前用 Flask 架的抽籤網站改用 Django 實作,也藉這個機會比較一下兩個 Framework 設計概念的不同。

Datetime in SQLite and Python

整理在 Python 中處理時區的問題,並如何自 SQLite 存取考慮時區的時間

用 Flask 與 SQLite 架抽籤網站

為了實驗室的專題生而寫。

目標其實是 Django + Django ORM + PostgreSQL,不過一次接觸太多會有反效果,先操作比較簡單的才好上手。所以這邊講的並不是 best practice,但使用最少(底層)的知識與工具。如果一開始讓太多套件(像 SQLAlchemy)做掉了細節部份,反而不太能掌握到重要的概念以及為什麼需要這些套件。

本篇文章非常長,應該沒辦法幾分鐘內讀完。對象是初學者學習簡單網站架設。

這個專案的目標:因為大家 …