Access gene annotation using gffutils

Recently, I had to access gene annotations in multiple versions from multiple sources such as Ensembl, GENCODE, and UCSC. I used to rely on …

Read UniProtKB in XML format

UniProt Knowledge Base (UniProtKB) provides various methods to access their data. I settled on their XML format since no additional parsing code is required …

Ad hoc bioinformatic analysis in database

Recently I’ve found that bioinformatic analysis in a database is not hard at all and the database set up wasn’t as daunting …

Using EnsDb's annotation database in Python

How to find and download the EnsDb, the Ensembl genomic annotation in SQLite database made by R package ensembldb, and use it in Python application.

Use Snakemake on Google cloud

TL;DR Run a RNA-seq pipeline using Snakemake locally and later port it to Google Cloud. Snakemake can parallelize jobs of a pipeline and …

使用 conda env 部署 Django

沒幾天前剛部署一次 Django,記錄在《使用 uWSGI、nginx、systemd 部署 Django》。今天又部署了另一個專案。部署的設定跟上次一樣:

nginx -- unix socket -- uWSGI -- Django

一樣寫一個 PROJ.service 的 systemd unit 來管理網站的啟動 (uWSGI …

使用 uWSGI、nginx、systemd 部署 Django

上一次很認真的 Django 部署記錄在《設定 Python 官方文件中文化自動更新 Server》一文。很巧地自己畢業的題目也要架個 Django 網站,所以就再跑了一次部署設定。舊文還提了有的沒的,這篇僅針對 Django 的部署。

這邊的部署設定都儘量不使用 root 權限,整個連線的流程圖如下:

nginx -- unix socket -- uWSGI …

設定 Python 官方文件中文化自動更新 Server

設定一個自動更新 Python 說明文件中文翻譯並且 host 中文化網頁版文件的 server。使用 Django 作 web server、Django-Q 做為 task queue,deploy stack 用 nginx、uWSGI,host 於 Amazon EC2 (Debian Jessie),資料庫用 PostgreSQL,並用 systemd 管理相關的 process。

Coding 初學指南附錄 - Bioinfo Practices using Python

A walk through of practices created by Rosalind Team.

Coding 初學指南-Python

選擇 Python 作為第一個深入學習的語言有很多好處。他的語法跟英文相似、用互動式的方式來操作,方便以邊試邊學、內建的標準函式庫功能豐富、第三方套件,幾乎能用 Python 完成各種事情。