Variants、eQTL、MPRA

本文內容主要來自 Barak Cohen 教授給的數堂課的筆記,以 Systems Biology 的角度來看 coding/noncoding variant modeling 和相關實驗 MPRA。

St. Louis PhD 生活

不知不覺,距離上篇文章已經 4 個月。這 4 個月裡,擔任 PyCon TW 2016 工作人員、寫完碩士論文、從一個讀了 7 年的學校畢業、然後前往美國的 Washington University in St. Louis …

使用 conda env 部署 Django

沒幾天前剛部署一次 Django,記錄在《使用 uWSGI、nginx、systemd 部署 Django》。今天又部署了另一個專案。部署的設定跟上次一樣:

nginx -- unix socket -- uWSGI -- Django

一樣寫一個 PROJ.service 的 systemd unit 來管理網站的啟動 (uWSGI …

使用 uWSGI、nginx、systemd 部署 Django

上一次很認真的 Django 部署記錄在《設定 Python 官方文件中文化自動更新 Server》一文。很巧地自己畢業的題目也要架個 Django 網站,所以就再跑了一次部署設定。舊文還提了有的沒的,這篇僅針對 Django 的部署。

這邊的部署設定都儘量不使用 root 權限,整個連線的流程圖如下:

nginx -- unix socket -- uWSGI …

Jupyter Notebook Progress Bar

相信很多人都已經在使用 Jupyter (IPython) Notebook 跑分析。隨著分析的資料越跑越多,有時候刷下去就是幾十分鐘甚至數小時。此時沒有個進度條還蠻無聊的,而且能讓自己感覺很有進度,何樂不為呢?

例如我去年介紹 aiohttp 時就有用到 notebook 和 console 底下的進度條 (progress bar)。不過,這幾個月 Jupyter …

Python 官方文件中文化 Server HTTPS 使用 Let's Encrypt

整理了 server 從 HTTP 到 HTTPS 相關設定的調整。

設定 Python 官方文件中文化自動更新 Server

設定一個自動更新 Python 說明文件中文翻譯並且 host 中文化網頁版文件的 server。使用 Django 作 web server、Django-Q 做為 task queue,deploy stack 用 nginx、uWSGI,host 於 Amazon EC2 (Debian Jessie),資料庫用 PostgreSQL,並用 systemd 管理相關的 process。

安裝 PostgreSQL 9 於 Debian Jessie / OSX

平常用最多的是 SQLite,但 PostgreSQL 有很多好用的功能,每次要用想不起來怎麼裝。總之把相關設定的筆記存在這。

Debian Jessie (Debian 8.3) 與 OSX Homebrew 舉例。不過 OSX 大概也不會沒事把 PostgreSQL 開著,主要是著重在 Debian …

Coding 初學指南附錄 - OSX 開發環境

我自己在 OSX 上的主觀開發環境設定

Coding 初學指南-Python

選擇 Python 作為第一個深入學習的語言有很多好處。他的語法跟英文相似、用互動式的方式來操作,方便以邊試邊學、內建的標準函式庫功能豐富、第三方套件,幾乎能用 Python 完成各種事情。