使用 conda env 部署 Django

Posted on May 24, 2016 in Coding • Tagged with zh, python, django, postgresql, deploy, debian, systemd, nginx, uwsgi, condaLeave a comment

沒幾天前剛部署一次 Django,記錄在《使用 uWSGI、nginx、systemd 部署 Django》。今天又部署了另一個專案。部署的設定跟上次一樣:

nginx -- unix socket -- uWSGI -- Django

一樣寫一個 PROJ.service 的 systemd unit 來管理網站的啟動 (uWSGI ...

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Ensembl Genomic Reference in Bioconductor

Posted on May 21, 2016 in Bioinfo • Tagged with en, r, bioconductorLeave a comment

Using fundamental R/Biocondcutor packages (e.g. AnnotationHub, ensembldb and biomaRt) to query Ensembl genomic references or annotations.

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使用 uWSGI、nginx、systemd 部署 Django

Posted on May 19, 2016 in Coding • Tagged with zh, python, django, postgresql, deploy, debian, systemd, nginx, uwsgiLeave a comment

上一次很認真的 Django 部署記錄在《設定 Python 官方文件中文化自動更新 Server》一文。很巧地自己畢業的題目也要架個 Django 網站,所以就再跑了一次部署設定。舊文還提了有的沒的,這篇僅針對 Django 的部署。

這邊的部署設定都儘量不使用 root 權限,整個連線的流程圖如下:

nginx -- unix socket -- uWSGI ...
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Jupyter Notebook Progress Bar

Posted on Mar 23, 2016 in Coding • Tagged with zh, jupyter, notebookLeave a comment

相信很多人都已經在使用 Jupyter (IPython) Notebook 跑分析。隨著分析的資料越跑越多,有時候刷下去就是幾十分鐘甚至數小時。此時沒有個進度條還蠻無聊的,而且能讓自己感覺很有進度,何樂不為呢?

例如我去年介紹 aiohttp 時就有用到 notebook 和 console 底下的進度條 (progress bar)。不過,這幾個月 Jupyter ...

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Python 官方文件中文化 Server HTTPS 使用 Let’s Encrypt

Posted on Feb 21, 2016 in Coding • Tagged with zh, pydoctw, https, letsencryptLeave a comment

整理了 server 從 HTTPHTTPS 相關設定的調整。

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Add code block language name into CSS classes in Pelican Markdown

Posted on Feb 19, 2016 in Coding • Tagged with en, blog, pelican, codehilite, pygmentLeave a comment

I used Pelican and its Markdown plugin to render blog post.

Recently I was playing with the Python Official Documentation, which has a decent ...

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設定 Python 官方文件中文化自動更新 Server

Posted on Feb 14, 2016 in Coding • Tagged with zh, pydoctw, python, django, postgresql, deploy, debian, systemd, nginx, uwsgiLeave a comment

設定一個自動更新 Python 說明文件中文翻譯並且 host 中文化網頁版文件的 server。使用 Django 作 web server、Django-Q 做為 task queue,deploy stack 用 nginx、uWSGI,host 於 Amazon EC2 (Debian Jessie),資料庫用 PostgreSQL,並用 systemd 管理相關的 process。

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安裝 PostgreSQL 9 於 Debian Jessie / OSX

Posted on Jan 25, 2016 in Coding • Tagged with zh, postgresql, debian, osxLeave a comment

平常用最多的是 SQLite,但 PostgreSQL 有很多好用的功能,每次要用想不起來怎麼裝。總之把相關設定的筆記存在這。

Debian Jessie (Debian 8.3) 與 OSX Homebrew 舉例。不過 OSX 大概也不會沒事把 PostgreSQL 開著,主要是著重在 Debian ...

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Coding 初學指南附錄 - Bioinfo Practices using Python

Posted on Jan 21, 2016 in Coding • Tagged with en, labcoding, pythonLeave a comment

A walk through of practices created by Rosalind Team.

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Coding 初學指南附錄 - OSX 開發環境

Posted on Jan 21, 2016 in Coding • Tagged with zh, labcodingLeave a comment

我自己在 OSX 上的主觀開發環境設定

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